Il SIC Magredi del Cellina comprende una serie di superfici già tutelate dalla norma regionale sia da un punto di vista naturalistico che paesaggistico:
Il SIC Magredi del Cellina è ricompreso nella più ampia Zona di Protezione Speciale "Magredi di Pordenone" individuata ai sensi della "Direttiva Uccelli" in quanto area di fondamentale importanza per molte specie avifaunistiche che utilizzano gli habitat naturali del sito come area per la nidificazione oppure per lo svernamento e la sosta nel corso delle migrazioni. La Direttiva non solo protegge gli uccelli vietandone la cattura, l'uccisione indiscrimintata e la distruzione di nidi e di uova, ma impone anche l'obbligo di conservare, mantenere e ripristinare una superficie sufficiente di habitat indispensabili alla loro vita; inoltre questi ultimi debbono essere oggetto di specifiche misure di conservazione.
Per queste regioni nei "Magredi del Cellina" in quanto ZPS valgono le "Misure di conservazione generali" previste dalla legge regionale n° 14 del 2007 e in quanto SIC sono già vigenti le "Misure di salvaguardia generali" approvate dalla legge regionale n. 7 del 2008. Tali misure nel complesso vietano l'apertura e la realizzazione di nuove cave e discariche o l'ampliamento di quelle esistenti, l'eliminazione degli elementi naturali e seminaturali caratteristici del paesaggio agrario con alta valenza ecologica, lo svolgimento di attività di circolazione con veicoli a motore al di fuori dalle strade, la conversione ad altro uso delle superfici a prato o pascolo permanente.
Il SIC "Magredi del Cellina" a causa dell'apertura di una procedura di infrazione (al momento congelata) è anche l'unico Sito regionale già dotato di specifiche misure di salvaguardia previste dalla legge regionale n. 17 del 2006, in cui all'articolo 22 vengono espressamente vietati: lo sfalcio dei prati tra 15 aprile e 15 luglio, il pascolo con carico superiore a 2 UBA/ha, il dissodamento o qualsiasi intervento atto ad alterare il suolo, il cotico vegetale, la composizione floristica dei prati inseriti nell'inventario dei prati stabili e il lasciar vagare liberi i cani.
I Piani di gestione e le relative Misure di Conservazione del SIC "Magredi del Cellina" e della ZPS "Magredi di Pordenone" hanno già concluso il processo di analisi e di partecipazione nel corso dell'anno 2011, per cui la sua stesura si trova in fase ultimativa.